A tanszéket Bánki Donát alapította 1899-ben, a tanszék neve Hidraulikai és Hidrogépek Tanszék volt. Első professzora Bánki Donát volt, akinek nevét határturbinájának elméleti kidolgozása tette ismertté.

A kiváló konstruktőr feltaláló (porlasztó, motorok) Bánki 1922-ben hunyt el és csak 1930-ban került professzor a Tanszék élére Pattantyús Ábrahám Géza személyében, aki a műszaki felsőoktatásnak Magyarországon máig is legnevesebb mérnökpedagógusa volt. 1956-ban bekövetkezett haláláig számos könyvvel gazdagította a magyar műszaki irodalmat, azonkívül kiterjesztette a tanszék tudományos kutatási profilját a pneumatikus anyagszállítás, kétfázisú áramlások irányába.

A tanszék 1952-ben vette fel a Vízgépek Tanszék nevet. Varga József professzor vezetése mellett a kavitációs kutatás vált intenzívvé, Fűzy Olivér professzor az áramlástechnikai gépek és rendszerek korszerű numerikus számítási modelljeit honosította meg a tanszéken, Pápai László professzor a pneumatikus szállítás kutatását fejlesztette tovább. E téma kutatását jelenleg Kovács László egyetemi tanár irányítja.

1992-2000 között Kullmann László vezette a tanszéket. Vajna Zoltán akadémikus 1994-ben, dékáni megbízatását követően a tanszék professzora lett. 1998-ban végeztek először az új moduláris tantervben az Áramlástechnikai Gépészet modulon hallgatók. 1999-ben ünnepelte a Vízgépek Tanszék fennállásának 100-adik évfordulóját. 2000 júliusától 2007 májusáig Halász Gábor egyetemi tanár volt a tanszék vezetője. 2003 decemberétől a tanszék új neve Hidrodinamikai Rendszerek Tanszék. 2007 júniusától 2008 júniusáig Kullmann László vezette a tanszéket. 2008 júniusától Paál György a tanszékvezető.